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1.多肽溶解的主要问题是二级结构的形成。
虽然疏水肽链二级结构的形成更明显，但除最短的肽链外，此现象产生在几乎所有肽链,与极性无关。所以，溶解多肽的第一个原则是使用无菌蒸馏水或去离子水，当然无氧水最好。
多肽溶液可能遇到细菌降解。为防止此情况的发生，应溶解在无菌的蒸馏水中或用0.45或0.2孔径的滤膜过滤除菌。
含有 Cys、Met、Trp的多肽很容易氧化，应溶于无氧的水中。无氧水可通过注入惰性气体（氮、氦、氩）减压除气得到。
2.若多肽不溶于纯水，超声处理有助于打碎颗粒并增加溶解度。注意:超声处理会引起溶液发热或多肽降解。
3.若多肽含有多个碱性氨基酸，使用（1-10%）的乙酸水溶液：对于疏水性强的多肽，应使用50%的乙酸。
4.若多肽中含有大量酸性氨基酸，可用氨溶液（1-10%）或乙酸乙基吗啡或重碳酸盐等挥发性的碱性缓冲液溶解。PH值在层析前必须调整。
5.异丙醇和乙腈能溶解中等大小的多肽。若肽要上柱，有机溶剂的量必须很少否则将严重影响停留时间。
6. 若多肽因含有Val、Leu、Met、Phe、Tyr、Ala等芳炝链而高度疏水、或为中性肽时，DMF或DMSO等模变性剂的使用，有利于多肽的溶解。
a.高浓度模变性剂通过破坏多肽的二级结构而助溶。
b.膜变性剂适于多肽分析液的制备，但可能会对其生物活性的研究工作造成干扰。
c.DMF是最佳变性剂（最高浓度可达30%），滴加至多肽溶解。
d.反相层析法时，DMF将与洗脱液前锋一起流出，根据入量的多少，峰值可能很高。大多数肽能在大量DMF流出后几分钟内流出，若肽链很小，洗脱太早，多肽的量将很低。
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